A prendere il posto di don Grigis nel 1759 arrivò il parroco più celebre di Padernello: don Giovanni Battista Nicolai.
Nato a Venezia, egli rimase orfano di padre in tenera età insieme a nove fratelli. Venne quindi accolto a Castelfranco dallo zio materno, l’arciprete don Francesco Cimegorti. Entrò poi nel seminario di Treviso rivelando grandi doti nelle materie scientifiche e in particolare nello studio della matematica. A 17 anni fu chiamato a Castelfranco dal conte Jacopo Riccati, celebre studioso di matematica e fisica, per essere compagno di studi dei suoi figli.
Dal 1751 il vescovo Giustiniani lo richiamò in Seminario, dove svolse un’intensa attività di insegnamento.
La sua fama di scienziato era tale che nel 1772 gli venne assegnata la cattedra di Matematica (Analysim tam Cartesianam tam Leibinitianam) all’Università di Padova. In qualità di docente universitario pubblicò alcune opere scientifiche che gli diedero grande notorietà anche all’estero. La sua opera più importante – incompiuta – è costituita dai due volumi “Nova Analyseos Elementa”: il primo del 1786 ed il secondo pubblicato postumo. Le sue doti di studioso gli valsero l’appellativo di “monstrum scientiae”, prodigio di scienza. Nel 1783 pubblicò anche un’opera di algebra, intitolata “Della possibilità della reale soluzione analitica del caso irredubicile”. Don Nicolai, pur senza essere stato un grande protagonista della storia della matematica di quel secolo, fu considerato uno “studioso originale e interessante e la sua organica collocazione nell’ambito delle controversie matematiche settecentesche è ulteriore testimonianza della vivacità culturale della Marca Trevigiana nel secolo dei Lumi” (G.T. Bagni).
Si interessò pure di fisica e di idraulica, occupandosi anche della sistemazione del Brenta e pubblicando un “Piano fiscale del Magistrato delle acque”.
Nonostante il grande impegno richiesto dai suoi incarichi accademici, non rinunciò mai alla cura d’anime a Padernello, di cui fu parroco per 34 anni. Il vescovo, per agevolarlo nel suo doppio incarico, gli concesse un sacerdote vicario che lo sostituisse nei periodi in cui era impegnato a Padova.
Don Nicolai morì il 15 luglio 1793, all’età di 67 anni, mentre si trovava a Schio, ospite dell’amico Andrea Corner per una cura termale a Recoaro, e fu sepolto nel Duomo di Schio.
Questo il testo dell’epigrafe posta sulla tomba del Nicolai a Schio, dettata dall’abate Clemente Sibiliato, anch’egli docente a Padova: “Ioanni Baptistae Nicolai Veneto / Paternelli Archypresbitero / in Patavino Lyceo Analyseos publico Professori / viro integerrimo ac suavissimo / ingenii acumine scriptis editis / nova et magna molienti / Andreas Iulius Cornelius / amico desideratissimo / qui valetudinis curandae Recobarii aquis / Schloedum ad ipso perductus / annum ageus LXVII / morbo inopinato periit / idibus julius MDCCXCIII”. (A Giovanni Battista Nicolai veneziano, arciprete di Padernello, pubblico professore di analisi nello Studio patavino, uomo di esemplare probità e bontà. Acume d’ingegno era nelle opere da lui date alle stampe ed altre ancora, nuove e grandi, ne apprestava. Ne piange amaramente la perdita Andrea Giulio Corner che pur lo aveva chiamato a Schio perché curasse la salute con le acque di Recoaro. Aveva 67 anni; morì sorpreso da morbo repentino il 15 luglio 1793).
La sua tomba, insieme all’epigrafe, fu dispersa o distrutta nel corso dei lavori che interessarono il Duomo di Schio tra il XVIII ed il XIX secolo.
La memoria del Nicolai, tuttavia, non venne meno. Sarà tutto dedicato a lui il discorso solenne per la chiusura dell’anno scolastico 1921-22 del Seminario vescovile, pronunciato da mons. Marchesan ed intitolato “Una gloria del clero trevigiano d. Giambattista Nicolai”.